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全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异性分析的方法。基于全基因组重测序技术，我们能够快速的进行种子资源普查筛选，寻找到大量基因变异，并实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。而随着测序成本降低和已知基因组序列的物种增多，重测序已成为动植物育种研究中最为迅速有效的方法之一。

流程

提取基因组 DNA 并随机打断，电泳回收所需长度的 DNA 片段，并加上接头进行 Cluster制备，最后上机测序。利用双末端（ Paired-End） 的方案对插入片段两端进行测序，除获得序列信息外，还有利于大片段结构变异的挖掘。